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《清代阿拉善和硕特旗蒙古文档案选编》成书共计5册，遵循原档案号排序。该档案将阿拉善和硕特旗这段尘封的历史原貌展现在世人面前，具有重要的史学研究价值。本书精选阿拉善左旗档案馆藏清代档案3200件，全部为蒙文。起自清康熙五十九年（1720），止于清宣统三年（1911），由清朝皇帝、六部、理藩院、陕甘总督、绥远将军以及内蒙古、喀尔喀、青海、新疆、山西、陕西、甘肃等地盟旗、州县衙门行政机关发给阿拉善和硕特旗（以后简称阿拉善旗）衙门和阿拉善旗衙门呈报上述机关的来往文书及旗衙门内部文件。涉及各类文体：圣旨、饬令、示谕、告示、呈文（奏折）批示、诉状等。档案内容丰富、涉及面广，详细记录了阿拉善旗的政治、经济、军事、历史、宗教、文化、教育、风俗等各个方面内容。
所选档案全部由蒙古文写成，分为档册和折子两种。档册卷是由该旗发往其他各地（包括理藩院）的底稿册、扎萨克王及护印协理台吉对本旗各类事务的传谕指令、旗内各类事务的公文摘要、处理旗内各种案件的底册、本旗职员及在旗衙门轮班受职人员名单、旗衙门及王府财务账册以及由外地发来文件副本等。折子主要是由理藩院、宁夏部院以及各省、县、旗发给该旗扎萨克王、协理台吉等的公文和本旗职员、僧俗人员致王爷和旗扎萨克衙门的呈文。档案内容多涉及王公台吉的晋升、承袭或降职，旗内发生的各种民事案件及其诉讼，邻近旗县之间的边界争端，查嘎沁阿拉特情况或牧场争端，境内盐湖、煤窑、金属矿业的开发和保护，本旗主要寺庙的建立，呼图克图的洞礼经年班、喇嘛、沙毕纳尔与旗阿拉巴图之间的各种纠纷，邻近各县之间的民事纠纷，邻近汉地民人移往阿拉善与蒙民纠纷、平定准噶尔过程中阿拉善的举止等等。据档案记载，乾隆初年旗务协理台吉等在蒙古包收藏的档册被水浸湿丢弃，因此，档案中康熙、雍正年间的档案颇为罕见，本书共收录康雍时期的档案85件，极具研究价值。